Tweelingbroers Jared en Simon en hun zus Mallory verhuizen met hun moeder naar Villa Spiderwick, een groot en afgelegen huis van hun oudoom, Arthur Spiderwick. Al gauw gebeuren er onverklaarbare dingen. Zo ontsnappen Simons muizen zomaar en is Mallory's haar aan haar bedeinde vastgeknoopt, waarvan Jared telkens onterecht de schuld krijgt. Jared gaat daarom op onderzoek uit en ontdekt de fantastische waarheid over het landgoed en de wezens die er wonen...