'The Fountain' gaat over de strijd van één man om zijn geliefde te redden. Wetenschapper Tommy Creo (Hugh Jackman) is wanhopig op zoek naar een geneesmiddel tegen de ziekte waar zijn geliefde vrouw Isabel (Rachel Weisz) aan lijdt. Hij kan zich niet verzoenen met het feit dat hij haar voorgoed kwijt zal zijn. Hij wordt zo meegesleept door zijn eigen zoektocht dat hij vergeet haar lief te hebben, nu dat nog kan. Zij probeert hem op haar manier ervan te overtuigen dat zij elkaar ooit weer terug zullen zien en dat hij zich er daarom maar beter bij kan neerleggen. Tommy weet zich uiteindelijk toch te verzoenen met het bestaan, de liefde en de onvermijdelijke dood.