Politieagent Konukawa (stem van Akio Ôtsuka) beleeft een spannende spookachtige achtervolging, als hij uit een circus ontsnapt. Dit doet hij via diverse bekende filmische achtervolgingsscènes. Aan zijn zijde staat Paprika (Megumi Hayashibara), de bloedmooie detective. Met deze spannende fantasievolle scène begint ‘Paprika'. Paprika blijkt het alter ego te zijn van  Atsuko Chiba, een vrouwelijke arts die werkt bij een psychotherapeutisch onderzoekslaboratorium in het Tokio van de nabije toekomst. De politieagent heeft het hele gebeuren gedroomd en de DC-mini, een apparaatje dat dromen kan registeren, moet hem helpen van zijn angsten af te komen. Dit apparaatje blijkt echter niet zo onschuldig als het lijkt, wanneer het gepikt wordt. Dit ontdekt Atsuko zelf als ze onder invloed van de droom komt en de realiteit niet meer van droom te onderscheiden is.

Het verhaal over de gepikte droommachines is verpakt in een kinderlijk jasje (animatie), maar is zeker niet voor kinderen bedoeld. 'Paprika' heeft een volwassen verhaal met nu en dan zelfs een enigszins pikante scène. Het verhaal van de film is gebaseerd op de sciencefictionroman van

Tsutsui Yasutaka met dezelfde titel.

In de beschrijving van deze nieuwe animatie film van Satoshi Kon schrijft het Internationaal Film Festival Rotterdam in 2007: "Wervelende animatiefilm waarin de wereld van de droom betreden kan worden alsof het een amusementspark is". Hiermee slaat het festival de spijker op z'n kop. 'Paprika' is een wilde rit door droom en werkelijkheid. Zoals vrijwel altijd in Japanse animatiefilms spelen fantasiefiguren een belangrijke rol. In de dromen van mensen komen deze fantasiefiguren tot leven en beleeft men spannende en soms zelfs griezelige avonturen dankzij deze figuren.

De kracht van 'Paprika' schuilt in de fantastische animatiestijl. Satoshi Kon, die eerder 'Tokyo Godfathers' maakte, heeft zichzelf in dat opzicht overtroffen. Waar 'Tokyo Godfathers' een klein verhaaltje was, over drie zwervers die een baby vinden, is 'Paprika' een groots en meeslepend verhaal waarin dromen de hoofdrol spelen. Deze dromen geven Kon de ruimte om zich op het gebied van animatie volledig uit te leven, en dat heeft in ‘Paprika' zeer goed uitgepakt.